| Dirk Stratmann - LP329 - Machine virtuelle - 3P002_2018 | ||
LP329 - Machine virtuelle - 3P002_2018IntroductionLa machine virtuelle 3P002_2018 permets d'utiliser sous un environnement Linux récent (Ubuntu 18.04 LTS avec MATE Desktop, 32bit) plusieurs outils pour la programmation, comme:Pour le langage C/C++: gcc, g++, gdb et les bibliothèques SFML et Eigen (voir point 7) et 8) à la fin de la page) Autre langages installés: gfortran, python 2 et 3 Visualisation: gnuplot, pymol (pour les structures 3D des protéines) Edition: codeblocks, gedit et pluma (ne pas utiliser dans le dossier /home/user/share), nano, vi Cette machine virtuelle permet de travailler avec Windows+Linux en parallèle ou d'utiliser ce Linux sur Mac OS X. InstallationD'abord vous devez installer VirtualBox (Programme de virtualisation de Sun/Oracle, gratuit) sur votre machine "=le host" (Windows, Mac OSX ou Linux):https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads Pour éviter des problèmes du type "VT-x", "problème accélération matérielle", n'installer pas la dernière version de VirtualBox, mais plutôt celle-ci: https://www.virtualbox.org/wiki/Download_Old_Builds_6_0 Ensuite télécharger l'application virtuelle (2.0 Go): ftp://ftp.impmc.upmc.fr/pub/users/stratmann/3P002_2018.ova Si vous avez une connexion Internet pas très stable (par Wifi par exemple), alors vérifiez la checksum md5 du fichier 3P002_2018.ova téléchargé avec un logiciel qui calcule les checksum md5. Le fichier est correct si votre checksum est exactement identique à celle-ci: ftp://ftp.impmc.upmc.fr/pub/users/stratmann/3P002_2018.md5 Pour calculer la checksum sous Mac OS X, il faut ouvrir un terminal et y écrire md5 suivi d'un espace. Ensuite on tire le fichier dont on veux connaitre le checksum dans la fenêtre terminal et on l'y lâches : cela a pour effet de copier son nom complet (avec chemin) sur la ligne de commande. Puis on confirme avec la touche entrée et la valeur de la checkum md5 devrait s'afficher. Pour Windows c'est un peu plus compliqué de calculer un checksum md5, soit on peut utiliser une commande dans l'invite de commande, voir ici, soit on peut utiliser le gestionnaire de fichiers "TotalCommander" avec un plugin du nom "Checksum", voir ici. Si la checksum n'est pas exactement la même que celle du fichier 3P002_2018.md5, alors il faut recommencer le téléchargement de 3P002_2018.ova, car le fichier n'a pas été téléchargé correctement. Essayez dans ce cas des outils de téléchargement comme celui-ci: https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/downthemall/ Pour la suite des étapes, regardez ces captures d'écran dans une deuxième fenêtre en parallèle. Ils étaient fait avec l'ancienne machine virtuelle Mint 13, mais le processus d'installation est le même. Démarrer VirtualBox, puis importer le fichier 3P002_2018.ova téléchargé via le menu "Fichier->Importer application virtuelle...". Il vous faut environ 6 Go d'espace disque de libre pour faire cette importation (correspond à la taille décompressée). Après l'importation vous devrez voir une machine virtuelle nommée "3P002_2018" ou similaire (le nom que vous lui donnez). Pour que la machine virtuelle peut échanger facilement des fichiers avec son host (votre machine), il faut spécifier un dossier sur votre disque dur qui sert comme dossier d'échange: 1) Cliquez (une seule fois!) sur la machine virtuelle ("3P002_2018") dans VirtualBox. 2) Cliquez ensuite en bas à droite dans la liste des options sur "Dossiers partagés" ou "Shared folders" 3) Double cliquez sur l'entrée "share ..." 4) Dans la fenêtre qui s'ouvre changer le "Chemin du dossier" vers un dossier vide sur votre disque dur. Ne fermez pas encore cette fenêtre. 5) Dans la même fenêtre, remettez le "Nom du dossier" (deuxième ligne) sur "share", sinon ça ne marche pas! Puis fermer la boite de dialogue en cliquant sur Ok. A la fin démarrer votre machine virtuelle avec un double clique sur "3P002_2018". UtilisationQuelques infos pour l'utilisation:1) Le dossier de partage host(votre machine)<->guest(le Linux) est monté sous /home/user/share automatiquement dans le guest. 2) Le mot de passe pour sudo est: user (à changer avec passwd depuis un Terminal dans le guest) 3) Cette machine virtuelle est une installation de Linux classique et non une version Live, c'est-à-dire on peut faire des mis-à-jour à volonté et installer des logiciels supplémentaires (attention il reste moins de 1 Go de libre sur la machine) 4) gedit et pluma ne fonctionnent pas dans le dossier partagé /home/user/share, utiliser plutôt codeblocks à la place ou travailler dans un autre dossier avec gedit 5) Sauvegarder vos données plutôt dans /home/user/share pour éviter d'arriver à la limite de l'espace disque alloué pour Linux: ici 6 Go seulement. 6) Pour Mac OS X: il faut changer le type du clavier dans la machine virtuelle, voir instructions ici. 7) Pour utiliser la SFML, ne pas activer l'accélération 3D dans les options de la machine virtuelle sous VirtualBox. La SFML semble actuellement être incompatible avec cela. Quelques exemples pour tester la SFML sont dans le dossier /home/user/SFML. Pour d'autres logiciels 3D par contre, comme pymol par exemple, l'accélération 3D peut être activée. 8) La bibliothèque Eigen se trouve en tant qu'archive tar.gz dans /home/user/EIGEN. A décompresser dans chacun de vos dossiers de code C++ qui utilise Eigen avec la commande tar xvzf /home/user/EIGEN/Eigen.tar.gz Cette commande est à exécuter depuis chacun de vos dossiers. ContactEn cas de problème ou pour faire des suggestions contactez:dirk.stratmann at upmc.fr | ||
| Dirk Stratmann - LP329 - Machine virtuelle - 3P002_2018 Modified the 16 November 2018 |