Dirk Stratmann - cours - docking  

 

Cours+TP: "Protein-protein docking (arrimage)"

Introduction

Ce cours de 2h et TP de 4h sont donnés dans le module Biopol (NV634) du master BioInformatique et Modélisation (BIM) de l'UPMC.

Cours

Le cours peut être téléchargé en deux formats:

TP

L'énoncé du TP peut être téléchargé ici (format OpenOffice).

Lors du TP sont utilisés ces scriptes python:
  • CAPRI.py - calculation of CAPRI model quality evaluators. Calculates ligand-RMSD, interface-RMSD, fnat and fnonnat for a list of models (format: complex.1.pdb, complex.2.pdb, ...)
  • getNonInterface.py - gets the list of residues that are not in the interface. Useful for blocking residues in zdock.
  • getInterface.py - gets the list of residues that are in the interface, as well as those that are not.
  • loadZdock.py - pymol script to load all zdock models as one object into pymol.

Contact

En cas de problème ou pour faire des suggestions contactez:
dirk.stratmann at upmc.fr
Dirk Stratmann - cours - docking     Modified the 16 January 2013