| Dirk Stratmann - cours - Homology modeling | ||
PSF - machine virtuelle pour le TPIntroductionCette machine virtuelle permet de travailler avec Windows+Linux en parallèle ou d'utiliser ce Linux sur Mac OS X.Elle contient tous les logiciels nécessaires pour le TP, comme pymol, pymod, profit, reduce et autres (essayer le gestionnaire de fichier "Krusader" par exemple). InstallationD'abord vous devez installer VirtualBox (Programme de virtualisation de Oracle, gratuit) sur votre machine "=le host" (Windows, Mac OS X ou Linux):https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads Il faut installer une version à partir de 6.1.26 ou plus récente pour faire fonctionner cette machine virtuelle. Ensuite télécharger l'application virtuelle "Kubuntu2110.ova" (4.4 Go) depuis mon DropSU (= dropbox de Sorbonne Université): https://dropsu.sorbonne-universite.fr/s/an97WSr3REMTyqk Pour télécharger des gros fichiers comme celui-ci, le mieux c'est d'utiliser une connexion avec câble réseau (Ethernet), le Wifi peut marcher aussi, mais en général il faut une connexion rapide pour cela, par exemple sur le campus de Jussieu. En cas de problème lors du téléchargement vous pouvez essayer cet outil pour Firefox: https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/downthemall/ Pour la suite des étapes, regardez ces captures d'écran dans une deuxième fenêtre en parallèle. Ils étaient fait avec une ancienne machine virtuelle, mais le processus d'installation est le même. Démarrer VirtualBox, puis importer le fichier Kubuntu2110.ova téléchargé via le menu "Fichier->Importer application virtuelle...". Il vous faut environ 13 Go d'espace disque de libre pour faire cette importation (correspond à la taille décompressée). Après l'importation vous devrez voir une machine virtuelle nommée "Kubuntu2110" ou similaire (le nom que vous lui donnez). Pour que la machine virtuelle peut échanger facilement des fichiers avec son host (votre machine), il faut spécifier un dossier sur votre disque dur qui sert comme dossier d'échange: 1) Cliquez (une seule fois!) sur la machine virtuelle ("Kubuntu2110") dans VirtualBox. 2) Cliquez ensuite en bas à droite dans la liste des options sur "Dossiers partagés" ou "Shared folders" 3) Double cliquez sur l'entrée "share ..." 4) Dans la fenêtre qui s'ouvre changer le "Chemin du dossier" vers un dossier vide sur votre disque dur. Ne fermez pas encore cette fenêtre. 5) Dans la même fenêtre, remettez le "Nom du dossier" (deuxième ligne) sur "share", sinon ça ne marche pas! Puis fermer la boite de dialogue en cliquant sur Ok. A la fin démarrer votre machine virtuelle avec un double clique sur "Kubuntu2110". Si la machine ne se lance pas et que vous obtenez un message d'erreur parlant de "VT-x", alors il faudra activer l'accélération matérielle pour les machines virtuelles dans le BIOS (c'est fait par défaut sur les Mac mais pas toujours sur les PC-Windows)). Sur l'activation de l’accélération matérielle de la virtualisation (VT-x pour Intel) : https://support.bluestacks.com/hc/fr-fr/articles/115003174386-Comment-puis-je-activer-la-virtualisation-VT-sur-mon-PC- "https://www.tech2tech.fr/comment-activer-la-technologie-de-virtualisation-sur-mon-pc/" Tester si tout marche bien, en ouvrant un Terminal, puis en tapant "pymol". Dans pymol taper "fetch 1emv", une protéine en 3D devrait s'afficher. Dans le menu "plugins" de pymol, ouvrir "Pymod 3.0", une nouvelle fenêtre avec pymod 3.0 devrait s'ouvrir. UtilisationQuelques infos pour l'utilisation:1) Le dossier de partage host(votre machine)<->guest(le Linux) est monté sous /home/user/share automatiquement dans le guest (/home/user est le "dossier personnel" avec l'icône en forme de maison). 2) Le mot de passe pour l'utilisateur "user" est "user" également. (à changer avec passwd depuis un Terminal dans le guest si besoin). C'est aussi le mot de passe qui est demandé pour la commande "sudo", pour par exemple installer des logiciels supplémentaires. 3) Sauvegarder vos données volumineuses plutôt dans /home/user/share pour éviter d'arriver à la limite de l'espace disque alloué pour Linux: ici 1 Go de libre seulement. 4) Pour Mac OS X: il faut changer le type du clavier dans la machine virtuelle, voir instructions ici. 5) Cette machine virtuelle est une installation de Linux classique (Kubuntu 21.10, sortie en oct 2021) et non une version Live, c'est-à-dire on peut faire des mis-à-jour à volonté et installer des logiciels supplémentaires. Par contre il n'y a qu'un Go de libre, donc n'installez pas des gros logiciels à moins d'agrandir le disque virtuel comme décrit ici (pour les experts !): https://www.pragmaticlinux.com/2020/09/how-to-increase-the-disk-size-in-a-virtualbox-virtual-machine/ On peut aussi ajouter un deuxième disque virtuel, voir ici: https://www.zachpfeffer.com/single-post/add-a-disk-to-an-ubuntu-virtualbox-vm A la place de "gparted" il y a le "gestionnaire de partitions de KDE" sous cette version de Ubuntu basée sur l'interface KDE et non Gnome. ContactEn cas de problème ou pour faire des suggestions contactez:dirk.stratmann at upmc.fr | ||
| Dirk Stratmann - cours - Homology modeling Modified the 29 October 2021 |